Bem, o projeto final ficou assim:
http://picasaweb.google.com/scorninpc/ScornInLed#5500797634401570546
e a placa assim:
http://picasaweb.google.com/scorninpc/ScornInLed#5500797632244553378
Vou tentar confecciona-la hoje, vai ser minha primeira confecção 2 faves, não sei se vai dar muito certo.
Então, é do mais para o menos mesmo, pelos meus testes, e confirmando, tanto faz o ultimo bit controlar a primeira coluna, por que vai tudo num binário só, então tanto faz né.
Sobre a alimentação externa, eu já havia desconfiado, mas ai é duro, tudo que vou fazer preciso testar com 2 fontes. Quais os riscos de eu usar os 5v do arduino? Simplesmente não funcionar e esquentar o regulador?
Uso uma fonte de 12v 1000mA, se eu colocar um regulador na placa, e usar a mesma fonte, tem risco é? 100mA para o arduino, sobra 900mA para a placa, sei la 
Ja vi que vou ter muito trabalho no código, e eu no começo de tudo achei que o código seria o mais simples, mas to vendo que o código pega forte também =)