Te recomiendo que preguntes en la parte del foro que esta en ingles, aqui solo contestan por lo regular dudas basicas, muy muy basicas....
Si deseas programar arduino en lenguaje JAVA va estar dificil, pero puedes hacer que arduino se comunique mediante serial a programas javas e interactuen.
Mira ese chip FTDI se puso para facilitarle la vida a los de MAC y aparte darle energia arduino por el mismo cable USB, ya que tambien existe una version serial. Puedes comunicarte a cualquier PC mediante Serial con el pin 0 y 1 (mismo que utiliza el FTDI para programar el atmega168), e interactuar con programas JAVA que puedar utilizar el puerto serial COMx.