Hola,
los pines 0 y 1 si que se podrian usar, pero por ejemplo en la placa con USB estos estan conectados al FTDI con una resistencia de 1K, asi que supongo que en la placa bluetooth pasara algo similar. Asi, aunque se podrian usar, hay que tener en cuenta a donde estan conectados y como puede interferir en tu circuito. Para evitar problemas y complicacioens mejor no usarlos.
Si necesitas mas entradas / salidas digitales puedes usar una entrada analogica, te funcionara tambien como pin digital. Y si aun usando las analogicas necesitas mas pines pues la solucion es usar un sencillo multiplexor:
http://www.arduino.cc/es/Tutoriales/74HC4051Un saludo.