ciao guglio.
cerca di fare un passo dopo l'altro: inizia con il replicare questo semplicissimo progetto di peter knight
http://code.google.com/p/tinkerit/wiki/Auduino
in questo modo ti contruisci anche una interfaccia molto grezza che suona e tutto quanto.
non é banale 
poi puoi prendere tre strade:
o esci in midi saldandoti una presa midi
o esci in midi con qualche bridge in processing/puredata
o esci in osc (ammesso che il programma che vuoi comandare lo supporti) con un bridgino che stiamo per mettere online