Tu problema esta en que en las librerias que uses debes decirle que modo de comunicación estas usando y que sea compatible con los pines conectados.
Supongamos que por lo que veo se monte encima del MEGA
No se te ocurra pensar que el MEGA podra alimentar el shiedl SIM900. El Shield requiere alimentación propia, ese conector junto a la entan debe enchufarse a una fuente externa porque requiere 1A con algo entre no recuerdo se 5 a 12V. Hablo del SHIELD, no confundas.
El MEga por su parte ya sabras como manejarlo.