@uwefed: das ist ganz einfach.
Schritt 1)
Die Datei arduino/hardware/programmers.txt suchen und schauen ob da ein Eintrag für einen ISP mkII drin ist:
avrispmkii.name=AVRISP mkII
avrispmkii.communication=usb
avrispmkii.protocol=stk500v2
Wenn nicht, dann einfügen.
Danach entweder in preferences.txt den Bootloader einstellen. Siehe auch hier:
http://www.arduino.cc/en/Hacking/Programmer.
Dann den ISP auch mit dem Arduino verbinden.
Wichtig ist die Position von PIN1 korrekt zu finden. Auf dem Arduino Board ist er besser sichtbar markiert als auf dem Stecker. Auf jeden Fall ist da IMMER eine Markierung. Allerdings ist die nicht notwendig leicht zu sehen. Auf den ISP Steckern ist die Markierung fast immer ein schwarzes Dreieck auf schwarzem Grund. Üblicherweise ist das neben der "Nase". Ganz genau schauen und man sieht das. Wer es nicht sieht: noch genauer schauen, Stecker seitlich beleuchten, irgendwann findet man das schon. Alternativ: die Steckerbelegung nachschauen oder ausmessen.
Wenn's nicht klappt: AVRStudio starten schauen ob der Programmer erkannt wird.
Wenn nein: das zuerst beheben.
Wenn ja: schauen ob der Controller richtig erkannt wird.
Wenn nein: das zuerst beheben. Z.B. Controller Geschwindigkeit auf 1MHz absenken.
Wenn Controller erkannt wird: ISP Geschwindigkeit hoch auf 4MHz. Wenn der Controller dann immer noch erkannt wird --> freuen.
Jetzt mit Arduino IDE ausprobieren, wenn alles klappt super. Wenn nein: Einstellungen der IDE überprüfen.
Freuen, daß das Flashen jetzt auf einmal unheimlich schnell geht

Viele Grüße, Udo