por la caida del diodo no te tienes que procupar, la entrada Vin va conectada justo después del diodo de protección y antes del regulador del arduino.
En realidad si que nos debe preocupar. En condiciones idénticas de funcionamiento en una placa que alimentemos por el conector de alimentación, el regulador de tensión interno se calentará un poquito más que en el caso de alimentarla por el pin Vin (por la caida de 0,6V del diodo que no tiene que disipar el regulador). Como parte positiva podremos alimentar la placa con una tensión 0,6V más baja que antes y funcionará igual.
Como decía en mi anterior post, el diodo también es útil para prevenir inversión de polaridad.
En resumen: es posible alimentar por el pin Vin pero teniendo claro lo que se está haciendo.