Me habeis dejado planchado, realmente esperaba que hubiera un compilador para poder depurar el código paso a paso. Llevo dos días trasteando y lo más parecido que he encontrado es:
1-Proteus metiendole el archivo compilado *.hex puedo simularlo pero no me ayuda a encontrar los fallos, es igual que meterlo en la placa arduino pero sin riesgo a que pete.
2-Usar Codeblocks para compilar arduino. Todas las páginas que encontrado sobre el tema están en ingles y leer mucho en ingles me da dolor de cabeza. Usé Codeblocks para programar en C y la verdad esta muy bien para ser opensource. He encontrado algunas páginas que comentan como poder usar Codeblocks para arduino. Haber si a alguno que no le de tanta pereza el ingles se anima y nos comenta.
http://www.johnhenryshammer.com/WOW2/pagesHowTo/atmelPage.php#indexhttp://wiki.groundlab.cc/doku.php?id=codeblocks_avr