Hello,
je prends la chose en cours de route, et je crois que j'ai eu le même genre de soucis. Je développe des cartes 'arduino compatibles', au sens 328+ftdi+bootloader & pinout cohérent, et je suis donc dans la même situation que toi lors de la mise en route de mes cartes en fin de ligne d'assemblage.
Il se trouve que j'ai creusé la question, et bien que ce serait possible/envisageable d'utiliser une UNO comme proggy/flasheur vers une carte 2009 compatible, je n'ai pas trouvé de moyen simple de le faire. Je me suis tourné vers une de mes bonne vieilles 2009 "d'origine", et je n'ai aucun problème/j'ai gagné du temps.
Dans ton cas, je dirais que la chose la plus simple à faire, c'est de trouver soit quelqu'un qui a une 2009, soit directement un proggy compatible & d'attaquer le port ISP 6 points de ta carte cible, pour flasher le bootloader depuis l'interface.
J'ai utilisé passe un temps des USBtiny, mais... bon, c'est un peu de la merd... pardon: j'en ai pas été satisfait :/ J'ai utilisé aussi des proggy sur port parallèle (bidouillables en deux deux), mais j'ai plus forcément de port parallèle (et passé l'age de faire du mc gyverisme comme ca

). J'ai utilisé un dragon, mais il m'a claqué dans les doigts assez vite (cf les commentaires "élogieux" à propos de ce proggy d'entrée de gamme).
Je te proposerais bien de flasher ton 328, mais rien qu'en frais de port, ca va pas être très rentable pour toi... sauf si tu es en région parisienne, auquel cas je t'invite à passer à l'Electrolab pour faire la manip !