Gracias por vuestras respuestas!
Pensaba que la vinciduino venía de serie con el bootloader de Atmel, ahora ya me cuadra todo

Me miraré lo del programador, realmente quería utilizar el AVR Studio, el IDE de Arduino, aunque no lo he utilizado todavía, se me antoja un poco limitado.
¿Hay alguna forma de utilizar el AVR Studio para programar/compilar para Arduino, y luego usar el Arduino IDE para subir el código?