Lo único que me acabo de dar cuenta es que el MEGA32U4 se calienta mucho lo raro es que funciona perfectamente

Eso no es buen síntoma, revisa bien las soldaduras de toda la placa. Es posible que tengas algún corto en la placa.
Con respecto a las placas:
- la de eBay, aka la china, es una modificación de la vinciDuino Rev C, en la que le han añadido un transistor innecesario en el pin de reset y poco más. Todo el rutado y distribución de planos de masa, etc. es idéntica.
- la húngara, aka la chapuza, es un clon de la Rev A, tiene el mismo layout y el mismo rutado. Salvo un par de modificaciones para poner los componentes que no han encontrado en el mercado local, por ejemplo: no han encontrado la ferrita ni el PTC, pero mantienen el LDO 1117 sin disipador.
El caso es que en todos mis diseños suelo poner algunas pistas y/o componentes que no afectan eléctricamente pero me simplifican la trazabilidad para ver si ha habido alguna copia, réplica o en este caso clon. Ambas, la china y la chapuza, tienen las "peculiaridades" implementadas.
Efectivamente, lo que está muy feo es que hayan borrado cualquier atribución y/o mención a la vinciDuino y al equipo. Mira que el precio que le hemos puesto para usar nuestro diseño es bajo: atribuir el origen del diseño y compartir compartirlo. Vamos, que ni lo uno ni lo otro.