Hola!
Yo tengo un Mega y cuando empecé miré información acerca de UNO y Mega 2560, que es la que tengo, y con la Mega a parte de las mejoras técnicas que tiene con respecto a UNO, es compatible al 100%, según me han dicho y leído, ya que no lo he probado! Pero por ejemplo, en BricoGeek, si miras Arduino Mega 2560 (
http://www.bricogeek.com/shop/arduino/306-arduino-mega-2560.html) te viene un vídeo explicativo y te habla, creo recordar, de las compatibilidades con UNO, así que yo te recomendaría Mega!
Un saludo!