Hoje eu uso o Arduino com meu pc rodando win7 64bits numa boa, mas realmente tive alguns problemas de inicio.
No meu caso, eu havia adiquirido um kit para iniciantes da RoboCore que já vinha com um cd com as ferramentas necessarias... Utilizando o software deste cd não consegui proceder com a instalação.
Mas baixei a versão mais recente no site do Arduino e instalou numa boa.
Após isso, o problema que tive foi que a inicialização da IDE estava MUITO lenta, bem como o serial monitor e alguma outra função da IDE, mas resolvi seguindo este post:
http://www.arduino.cc/cgi-bin/yabb2/YaBB.pl?num=1237179908/0Basicamente, há um problema na dll rxtxserial.dll, no post há o link para uma versão corrigida. É só baixar e substituir