Testato:
sia facendo partire swsync
Quando attivi la Vcom è normale che Arduino venga resettato, in realtà sfrutto questa cosa per automatizzare l'aggiornamento se è previsto durante il setup().
ma purtroppo anche semplicemente spegnendolo (sia fisicamente con il tasto X rosso, sia solo deselezionando il flag OPEN), sulla seriale arriva il reset.
Questo non dovrebbe succedere se prima di chiudere il programma viene disattivata la seriale, l'ho provato sia con XP che con W7 e non ho rilevato nessun autoreset alla chiusura.
Però potrebbe esserci un problema con qualche servizio, o driver, faccio prima a disattivare completamente il segnale DTR e resettare Arduino solo premendo il relativo tasto.