Buenas inigohe,
como ha comentado Uniseco, esto suena más a proyecto para una arduino Mega, pero si ya te hienes una Uno, se puede intentar, todo depende de lo que tengas pensado incluirle más adelante.
De momento me ha parecido una buena idea la de SrDonGato, así puedes ahorrar muchos pines, a mi no se me había ocurrido.
Respecto a lo que preguntas sobre la PWM. Si, las señales PWM se utilizan para controlar servos, motores DC, intensidad de luz, etc. Pero los mismos pins que generan señales PWM también pueden hacer otras cosas, como ser simples entradas o salidas digitales.
Si echas un vistazo en el
datasheet del micro que lleva la Arduino Uno, verás más detallado lo que puede hacer cada pin. En la página 82 te vienen explicadas todas las funciones de los pins del puerto B.
No entiendo muy bien a que te refieres con lo de juntar los dos lcds con el programa de MJOY16.
Si te refieres a controlar los displays con la MJOY, depende de si está preparada para ello, sino habría que modificar el código, que por lo poco que he leído, es cerrado. Me parece que te va a resultar más fácil montar las dos cosas por separado.
Además, la MJOY16 creo que no tiene salidas, así que la puedes utilizar para controlar los mandos del avión. Y con tu placa visualizar los datos del panel.
Me gusta mucho la idea. Mucha suerte con el proyecto.
Un saludo!