J'ai trouvé le probléme

En faite c'est tout bête !
L'ATmega1280 a 2x moins de place en flash que l'ATmega2560.
Or qui dit plus de mémoire, dit plus d'adresses mémoire !
Par conséquent le registre interne qui gère l'adressage est plus grand !
Sur l'ATmega1280 c'est un compteur 16bit mais sur l'ATmega2560 c'est un compteur 22bit !
J'ai fait un patch pour le fichier port.c se trouvant dans ..\hardware\arduino\cores\arduino.DuinOS\DuinOS
je le joins en pièce jointe.
Le patch fonctionne "normalement" en 16bit avec les Atmega328/1280/1284/... mais si il détecte un ATmega2560 il passera en mode 22bit

En espérant que cela aidera d'autre personne ^^
PS: j'ai aussi posté mon patch sur le google code du projet duinOS
