Dos caminos:
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Puedes usar un ATMEGA328P, con el bootloader y armas el pcb para unirte a esto.. no le veo la gracia de hacerlo mas barato que comprarlo hecho. Tendras tus razones.
No me alejaría de esta opción considerando el soporte y librerías existentes que te ahorrarán horas de código y trabajo.
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Mira en ATMEL.com que tiene versiones ATMEGA con soporte USB HOST asi tienes todo en uno.
Si sabes usar ATMEL STUDIO puedes
Estas versiones de ATMEGA tienen soporte USB, no necesariamente HOST USB.
Ejemplo que tal usar un ATMEGA16U4 que es el mismo que tenemos a la entrada de un Arduino.
mira la lista
AT90USB1286
8-bit AVR Microcontroller, 128KB Flash, 64-pin, USB Controller
AT90USB1287
8-bit AVR Microcontroller, 128KB Flash, 64-pin, USB Controller
AT90USB162
8-bit AVR Microcontroller, 16KB Flash, 32-pin, USB Controller
AT90USB646
8-bit AVR Microcontroller, 64KB Flash, 64-pin USB Controller
AT90USB647
8-bit AVR Microcontroller, 64KB Flash, 64-pin, USB Controller
AT90USB82
8-bit AVR Microcontroller, 8KB Flash, 32-pin, USB Controller
ATmega16U2
8-bit AVR Microcontroller,16KB Flash, 32-pin, USB Controller
ATmega16U4
8-bit AVR Microcontroller, 16KB Flash, 44-pin, USB Controller
ATmega32U2
8-bit AVR Microcontroller,32KB Flash, 32-pin, USB Controller
ATmega32U4
8-bit AVR Microcontroller, 32KB Flash, 44-pin, USB Controller
ATmega8U2
8-bit AVR Microcontroller, 8KB Flash, 32-pin, USB Controller
Repito no se si todos son USB HOST
NOTA: Algo mas: "Ayuda Conectar usb host shield sin tarjeta arduino" no es un título permito. Por favor vuelve al post#1 y edita ese AYUDA. Todo lo demás esta bien.
Todo lo que hacemos acá es AYUDAR asi que está implícito.
Lee las normas del foro y verás que no debe usarse esta palabra en los títulos.