Le linee RX/TX sono in comune con l'altro chip, è lui che le "disturba" aprendo la seriale.
E' per questo motivo che si consiglia sull'Arduino di non usare i pin D0 e D1, cosa che invece puoi fare liberamente su uno standalone.
Ti rimando a questa discussione.
http://arduino.cc/forum/index.php/topic,126428.0.html