Ciao Atrobeed ricordi questo post avrdude -p m328p -c arduino -b 19200 -P /dev/ttyUSB0 -t - #11 by Maurotec - Generale - Arduino Forum
No, Avrdude non sa nemmeno cosa sia DTR, è un segnale standard della RS232 ed è gestito in automatico dall'hardware/software della seriale, non importa se è una vera com o una seriale virtuale, inoltre la stato alto è quello normale per DTR anche se la seriale non è in uso.
Allora, vediamo se riusciamo a capirci, concordo con quanto dici, ma obbietto dicendo la seguente:
La seriale tipica dei pc è molto differente dalla comunicazione seriale implementate es sulla 2009, mancano alcuni segnali, cioè ci sono ma non vengono collegati al micro, tranne DTR che viene collegato come hai detto tu.
Il DTR come vedi da codice python è impostabile, è posso assicurarti che se non eseguo la sequenza:
print "Clear DTR and RTS to unload the RESET capacitor"
ser.setRTS(False)
ser.setDTR(False)
print "attende x tempo"
time.sleep(1)
print "Set DTR and RTS back to high"
ser.setRTS(True)
ser.setDTR(True)
Il bootloader se mi risponde mi dice cose strane insomma non mi dice che è in sync.
Quindi a raggion veduta il DTR è gestibile, lo posso mandare su o giù prima di aprire il device, occhio che qui si può capire male, diciamo che posso aprire il device file impostando il DTR = false, dopo aver aperto il device posso modificare lo stato di tutti i flags, se lo posso fare in python lo si può fare in C++ e in java.
C'è solo una cosa che obbliga ad aprire un device a chiuderlo e riaprirlo ed è il baudrate, in quanto non mi risulta sia possibile modificarlo a caldo.
@Menny
Scusa ho anglofizato il tuo nick, non t'incazà 
Allora avevo capito bene, non si capisce perchè in alcuni casi l'autoreset rompe ed in altri no.
Però non posso indagare sulle reali cause che fanno fallire l'operazione di scrittura, non ricordo se nel connettore
ICISP arrivi il reset, se si probabilmente è qua il problema, se per ipotesi prima di scrivere il micro su breadboard il programma ICISP invia il reset a questo pin e questo è connesso al pin reset di arduino questo si autoresetta.
Io l'ho sparata perchè non posso fare questi esperimenti al momento.
Ciao.