mi spiace APS650 anch'io ho la MEGA ma non ho mai superato il 40%, sono passato alla DUE per una questione di performance di clock senza stravolgere troppo il progetto .... spero che non ci siano problemi anche sul SAM!!
Ti ho chiesto del bootloader perchè ho intravisto qualcuno che diceva di cambiarlo, ma non ho info certe sull'argomento. Tra le altrte cose siccome ho usato la mega per 3 anni e la tua domanda l'ho posta anch'io circa un anno fa .... mi era stato assicurato che il problema era stato risolto con le nuove IDE 1.0, apparentemente non è così.
Comunque ti rinnovo l'aiuto, se passi alla DUE ho promesso di aiutarti e lo farò, nel limite delle mie conoscenze acquisite fino ad ora.
ciao