leider muss ich dieses Thema nochmals aufgreifen, denn alles was ich dazu gefunden und probiert habe, war bisher erfolglos 
Hier meine Umgebung: arduino-0022, WIN-XP, ein stk500v2 kompatibler ISP-Programmer und ein "nackter" ATmega328 (also ohne Bootloader) auf einem breadboard
Was läuft: ich kann die mit der arduino IDE erzeugten .hex-files flashen wenn ich dazu AVR studio benutze oder auch wenn ich den AVRDUDE getrennt aufrufe (über das GUI). Ich kann also sicher sein, dass meine Hardware funktioniert.
In http://arduino.cc/en/Hacking/Programmer?from=Main.Programmer wird beschrieben was zu tun ist, um aus der arduino IDE heraus sketche direkt auf einen chip zu flashen. Dort heißt es:
If you would rather use an external programmer for only an individual board, you can edit the boards.txt file in the hardware/ sub-directory of the Arduino application directory. Set the board.upload.using parameter to the identifier of one of the programmers in programmers.txt.
Das habe ich gemacht, mein Eintrag lautet jetzt:
##############################################################
atmega328.name=Arduino Duemilanove or Nano w/ ATmega328
atmega328.upload.protocol=avrispv2
atmega328.upload.maximum_size=30720
atmega328.upload.speed=57600
#atmega328.upload.using=
...
atmega328.build.core=arduino
##############################################################
Das klappt aber nicht, denn upload im verbose mode gibt folgende Meldung:
D:\arduino-0022\hardware/tools/avr/bin/avrdude -C
D:\arduino-0022\hardware/tools/avr/etc/avrdude.conf -v -v -v -v -patmega328p -cavrispv2 -P\.\COM5 -b57600 -D -Uflash:w:C:\DOKUME~1\Jochen\LOKALE~1\Temp\build717809894115893379.tmp\Blink0_5.cpp.hex:i
avrdude: Version 5.4-arduino, compiled on Oct 11 2007 at 19:12:32
Copyright (c) 2000-2005 Brian Dean, http://www.bdmicro.com/
System wide configuration file is "D:\arduino-0022\hardware/tools/avr/etc/avrdude.conf"
Using Port : \.\COM5
Using Programmer : avrispv2
Overriding Baud Rate : 57600
avrdude: ser_open(): setting dtr
avrdude: Send: . [1b] . [01] . [00] . [01] . [0e] . [01] . [14]
avrdude: Recv:
avrdude: stk500_2_ReceiveMessage(): timeout
avrdude: Send: . [1b] . [01] . [00] . [01] . [0e] . [01] . [14]
...
Was mich irritiert ist das ser_open(): setting dtr. Ich will doch per ISP flashen, da ist kein bootloader auf dem chip der aufgeweckt werden müsste. IWenn ich den AVRDUDE "von Hand" aufrufe, also nicht aus der arduino IDE heraus, dann sieht der Dialog auch ganz anders aus - und klappt auch!
Was mache ich falsch, ist es vielleicht der fehlende atmega328.upload.using=... Eintrag im boards.txt file? Wie müsste der lauten? Irgend jemand da draußen wird doch dieses Problem gehabt und gelöst haben.
Danke für jeden konstruktiven Hinweis!