Eu imaginava que erro só ligar, mas sempre é bom certificar. Como disse, cheguei a rodar o motor e medir os pontos para verificar se a corrente dos motores propagava para outros lados, mas vendo a especificação do transistores já teria resolvido 
Perfeito! Se o chip nativo estiver sem receber comandos, nada interferirá no arduino, e vice versa, certo? Afinal todas as portas são output.
A interferência a qual você se refere é essa do comando ou sugere algum filtro, mesmo com alimentação diferente para o circuito e para o arduino?