Hombre ,si por ejemplo el eje x esta descuadrado respecto al y ,dificilmente vas a poder dibujar un cuadrado perfecto.En cuanto al movimiento,mas que mover pasos ,mueves una distancia.Lo gcode en este tipo de maquinas funcionan con coordenadas en milimetros,el problema es que tu usas processing y lo desconozco,yo uso pronterface con el cual puedo introducir gcodes manualmente,cargar el fichero resultante de "filetear" un archivo con cura o slic3r,mover la maquina manualmente,etc.Entonces si no tengo finales de carrera ,puedo mover manualmente la maquina al punto que quiera y enviar el comando G92 X0 Y0 para decirle que esta en esas coordenadas.Si no tienes los datos concretos de ese motor (pasos por vuelta y avance del eje) puedes hacer una regla de 3 e ir modificando los pasos por mm.Por ejemplo ,estoy en X0 ,me desplazo 20mm con G0 X20 y mido el desplazamiento,pongamos que se ha desplazado 23mm y yo he puesto en el ajuste de pasos por mm 4,5
Si con 4,5 avanzo 23mm
con x avanzo 20mm que es lo que busco.
23x = 90 -> x = 90/23 = 3,9 pasos ,pruebo con esto y vuelvo a calcular hasta que el desplazamiento sea perfecto