Innanzitutto grazie per avermi risposto e letto il papiro che ho scritto!
Le batterie sono da 40mAh ciascuna, comprate nuove al negozio di elettronica (mi sono sbagliato, non sono NiCd ma Ni-MH).
Non so se può influire sulla durata delle batterie, ma nel codice arduino i due pin (ai quali son collegati i "+" delle batterie) sono sempre settati su HIGH, non solo durante la ricarica ma anche quando leggono e inviano i dati.