lesto:
edit: spero che il repo separato sia solo per i file core, non per tutto l'ide
Se ti scarichi l'IDE 1.5 nella cartella hardware\arduino i due core sono separati, c'è una cartella AVR che contiene tutto ciò che riguarda Arduino classico e una cartella SAM contenente tutto ciò che riguarda la DUE.
Nella disto dell'IDE 1.5 sono contenuti due compilatori distinti, il classico avr-gcc per Arduino classico e il Sourcery G++ Lite ARM EABI per la DUE.