@Menniti considerati sollevato dalla prova, (solo perchè l'ho gia fatta io, e non funziona passare i parametri come -R da dentro l'ide) 
nel frattempo ho riclonato il git di arduino e sto vedendo se dai sorgenti trovo un punto di attacco 
Da linea di comando funge perfettamente, così come con tutte e versioni di arduino dalla 0021 alla 1.1.rc1 XD
@astrobeed adesso sto provando il toolchain atmel con la 1 e poi proverò con la versione compilata di fresco dal git di arduino.