Certo che la bloccano, però a condizione che non esegui prima un erase, operazione che viene sempre fatta di defualt da tutti i programmatori, se inibisci tale comando non puoi riscrivere la flash.
Detto in altri termini, in realtà negli AVR non è obbligatorio fare un erase prima della programmazione, puoi semplicemente sovrascrivere quello che c'è, però se lo fai ti ritrovi con la flash "sporca" con tutte le conseguenze che questo può portare, p.e. acquisizione di valori assurdi nel caso di puntatori che vanno oltre il limite previsto.
Quando fai la programmazione ISP la prima operazione è un erase, infatti se c'è un bootloader precaricato viene cancellato, quindi non esiste nessun l.b. che ti può proteggere, solo il blocco della modalità ISP e JTAG permette questo livello di protezione, però se lo fai su un micro saldato poi ti puoi scordare di ripristinare la normale operatività visto che sei obbligato ad usare la modalità HV con tutte le relative problematiche.