Hola,
dos cosas:
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esto que dices de que la señal tarda en estabilizarse es francamente raro, yo he conectado hasta 64x6 entradas analogicas con una serie de multiplexores encadenados y no he tenido este problema. Podrias postear la hoja de caracteristicas de tu chip? Yo uso el 4051
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el valor de un potenciometro no es muy estable, por lo que yo no haria la comprobacion como la haces tu, sino dando un margen de por ejemplo +-5. Los valores oscilan constantemente, esto lo puedes probar leyendo un solo potenciometro
/d