io farei così
un file config.h con dentro le impostazioni dei pin (valori a caso)
#if defined(__AVR_ATmega8__)|| defined(__AVR_ATmega128__)
const int pinInput1 = 10;
const int pinInputSCL = A5;
const int pinInputSDA = A6;
#else
// here if not ATmega8 or ATmega128
const int pinInput1 = 21;
const int pinInputSCL = A0;
const int pinInputSDA = A1;
#endif
ovviamente tutti i pin usati devono essere mappati quì dentro, questo ovviamente è possibile solo se tutte le board eseguono lo stesso codice, e quindi hanno le stesse capacità hardware, solo che è su pin differtenti.