Forse non l'hai cercato bene 
Per caricare uno sketch su Arduino da un sistema Linux embedded, non importa quale, ci sono varie possibilità, la più semplice è inviare, come ti pare, verso il sistema Linux l'eseguibile dal tuo pc poi lanci uno script che invoca AvrDude per caricare l'eseguibile su Arduino.
Se il tuo sistema linux embedded lo permette, e la Rasp lo permette, puoi anche compilare localmente lo sketch e caricarlo su Arduino sempre tramite AvrDude.