¿Quieres decir que las salidas están invertidas? ¿Que en lugar de encender el número correspondiente se apaga?
En cuanto a lo del led3, revisa la definición a ver si lo tienes conectado al pin correspondiente. Cada una de las parejas indica el nombre (número) de led y el pin al que va conectado:
{3, 41}, {4, 43}, {5, 45}, {7, 47}, {8, 49}, {9, 51}, {10, 53}
así que el led3 irá en pin 41, el led 4 en 43, etc.
El número que aparece en valor, no te preocupes. Una vez que se representen los pines correctamente en la línea superior, te contaré cómo trabajar con ese valor.