a livello hardware la yun fa per te, sia perche' ha il wi-fi integrato, sia perche' hai piu' pin a disposizione della UNO (la yun monta il 32u4 non il 328)
non so cosa intendi per incompatibilita' con il tuo progetto, il lavoro e' diverso, perche' dovrai creare un serverweb lato linux,
e' un qualcosa di completamente diverso rispetto ad aggiungere la wi-fi shield alla UNO.