Ayuda con Arduino YUN y Motor Shield

Hola buenas,

Tengo un problema con Arduino Yun la cosa es que, tengo un Sketch que controla un Stepper a través del Nunchuk de la Wii, y resulta que todo funcionaba a la perfección con Arduino UNO, pero recientemente me ha llegado la Arduino YUN y no entiendo porqué pero el Sketch no funciona con YUN no hace nada ni tan siquiera mueve el Stepper, y por separado tampoco me detecta ni el Nunchuk ni mueve el motor ni hace nada de eso y me gustaría saber que modificaciones debería hacerle al siguiente Sketch, o como debería hacerlo para que funcionase.

Gracias!!!

Sketch:

#include <Wire.h>
#include <WiiChuck.h>
#include <Stepper.h>


const int ppr = 200;//passos totals per fer una volta
Stepper stepper1(ppr, 12,13);

WiiChuck chuck = WiiChuck();

 const int pwmA = 3;
 const int pwmB = 11;
 const int brakeA = 9;
 const int brakeB = 8;
 const int dirA = 12;
 const int dirB = 13;
int vel = 40;
void setup() {

  
  Serial.begin(115200);
  chuck.begin();
  chuck.update();
  pinMode(pwmA, OUTPUT);
 pinMode(pwmB, OUTPUT);
 pinMode(brakeA, OUTPUT);
 pinMode(brakeB, OUTPUT);
 digitalWrite(pwmA, HIGH);
 digitalWrite(pwmB, HIGH);
 digitalWrite(brakeA, LOW);
 digitalWrite(brakeB, LOW);
 stepper1.setSpeed(50);

}

void loop() {
  delay(20);
  chuck.update(); 

  
  Serial.print(chuck.readJoyY());
    Serial.print(", ");  
 
    Serial.println();

if(chuck.readJoyY() > 7 && chuck.readJoyY() < 40){
  stepper1.setSpeed(10);
  stepper1.step(1);
   

}

else if(chuck.readJoyY() > 40 && chuck.readJoyY() < 60){
  stepper1.setSpeed(vel);
  stepper1.step(5);

  if(vel<30){
      vel++;
  }

}

else if(chuck.readJoyY() > 60 && chuck.readJoyY() < 80){
    stepper1.setSpeed(80);
  stepper1.step(10);
  

}

else if(chuck.readJoyY() > 80 ){
    stepper1.setSpeed(100);
  stepper1.step(15);

}



else if(chuck.readJoyY() < -30 && chuck.readJoyY() > -50){
   stepper1.setSpeed(40);
  stepper1.step(-1);
}

else if(chuck.readJoyY() < -50 && chuck.readJoyY() > -80){
   stepper1.setSpeed(60);
  stepper1.step(-5);
}

else if(chuck.readJoyY() < -80 && chuck.readJoyY() > -100){
   stepper1.setSpeed(80);
  stepper1.step(-10);
}

else if(chuck.readJoyY() < -100){
   stepper1.setSpeed(100);
  stepper1.step(-15);
}
 
else 
  stepper1.step(0);



}