In der Zwischenzeit ist auch noch die IDE 1.6.2 (am 28.3.2015) und die IDE 1.6.3 (am 02.04.2015) veröffentlicht worden.
Ob die in der Version 1.6.1 vorhandenen Warnings bei Verwendung von Arduino.org Hardware in diesen Versionen vorhanden ist, kann ich aus Mangel an Infos bzw Hardware nichts sagen.
Grüße Uwe