Ich kenne GRBL nicht ( ich mache nichts mit CNC ).
Das Stepsignal basiert auf einem Timer IRQ im 200µs Takt. D.h. ein 200µs Jitter kann immer auftreten.
Ist der Prozessor nicht zu stark belastet, könnte der Takt auch noch reduziert werden ( ist ein #define ). Man muss aber bedenken, dass Interrupts in dieser Taktrate auftreten können.