Dudas para proyecto con Arduino y Raspi

Tambien hay una cosa que me interesa bastante, y es la siguiente:
Con usb podia programar los modulos arduinos y hacerles modificaciones a distancia si los tenia conectados a la raspi por el usb, ahora dado que el proyecto parece que se desarrollara atraves de mqtt por cable de red, querria saber si dicho protocolo me dejara hacer lo mismo.

Un saludo