lesto:
anzi magari usa sempre avrdude
AvrDude è solo per gli AVR, per il SAM3X usano un apposito programma che si chiama Bossa, la DUE usa il romboot integrato nei SAM, è una caratteristica di serie, e non un bootloader da caricare sopra come si fa con gli AVR.
Dal data sheet del SAM3X
16 Kbytes ROM with embedded bootloader routines (UART, USB) and IAP routines