programmare il 644 ... ma come????

La corrispondenza dei pin la trovi nel file PINS_ARDUINO.H che risiede nella cartella

POSIZIONE DOVE HAI ARDUINO IDE\hardware\CARTELLA DEL CORE CHE HAI SCARICATO DA LEO\variants\VARIANTE CHE STAI UTILIZZANDO

Dove

POSIZIONE DOVE HAI ARDUINO IDE = percorso completo dove hai installato arduino (es. c:\arduino-1.0.1)
VARIANTE CHE STAI UTILIZZANDO = la reperisci aprendo il file BOARDS.TXT presente in POSIZIONE DOVE HAI ARDUINO IDE\hardware\CARTELLA DEL CORE CHE HAI SCARICATO DA LEO, leggendo l'impostazione .build.variant della scheda che hai selezionato)

ES. (nel mio caso uso una scheda che nel menù di arduino si trova con il nome di 'Mighty 1284p 16MHz using Optiboot')

mighty_opt.name=Mighty 1284p 16MHz using Optiboot
....
....
....
mighty_opt.build.core=standard
mighty_opt.build.variant=standard

In questo caso la board in oggetto avrà il suo file PINS_ARDUINO.H in

es.
c:\arduino-1.0.1\hardware\CARTELLA DEL CORE CHE STo UTILIZZANDO\variants\standard

All'interno di detto file ti troverai una parte di codice dove verranno mappati i pin del micro alle porte specifiche della mcu e il relativo bit .
In alcuni file vi è anche una tabella di corrispondenza,nel tuo dovrebbe esserci una cosa di questo tipo:

//                         ATMEL ATMEGA644P/1284P
//
//                               +---\/---+
//            PCINT8/(D0 ) PB0  1|        |40  PA0 (A0 / D24)/PCINT0
//            PCINT9/(D1 ) PB1  2|        |39  PA1 (A1 / D25)/PCINT1
//      PCINT10/INT2 (D2 ) PB2  3|        |38  PA2 (A2 / D26)/PCINT2
//      PCINT11/OC0A (D3 ) PB3  4|~       |37  PA3 (A3 / D27)/PCINT3
//   PCINT12/0C0B/SS (D4 ) PB4  5|~       |36  PA4 (A4 / D28)/PCINT4
//      PCINT13/MOSI (D5 ) PB5  6|        |35  PA5 (A5 / D29)/PCINT5
// PCINT14/OC3A/MISO (D6 ) PB6  7|~*      |34  PA6 (A6 / D30)/PCINT6
//  PCINT15/OC3B/SCK (D7 ) PB7  8|~*      |33  PA7 (A7 / D31)/PCINT7
//                         RST  9|        |32  AREF
//                         VCC 10|        |31  GND 
//                         GND 11|        |30  AVCC
//                       XTAL2 12|        |29  PC7 (D23) TOSC2/PCINT23
//                       XTAL1 13|        |28  PC6 (D22) TOSC1/PCINT22
//       PCINT24/RX0 (D8 ) PD0 14|        |27  PC5 (D21) TDI/PCINT21
//       PCINT25/TX0 (D9 ) PD1 15|        |26  PC4 (D20) TDO/PCINT20
//  PCINT26/INT0/RX1 (D10) PD2 16|        |25  PC3 (D19) TMS/PCINT19
//  PCINT27/INT1/TX1 (D11) PD3 17|        |24  PC2 (D18) TCK/PCINT18
//      PCINT28/OC1B (D12) PD4 18|~       |23  PC1 (D17) SDA/PCINT17
//      PCINT29/OC1A (D13) PD5 19|~       |22  PC0 (D16) SCL/PCINT16
//      PCINT30/OC2B (D14) PD6 20|~      ~|21  PD7 (D15) OC2A/PCINT31
//                               +--------+
//
// *: OC3A/OC3B (and corresponding PWMs) are only present on Atmega1284

Tra parentesi tonde come vedi c'è il pin numerazione arduino corrispondente (D13 = digital 13, A1 = analog1)

Buon lavoro.