De condensator die je hebt is een keramische condensator. deze heeft heel weinig capaciteit dus het lijkt me onwaarschijnlijk dat die jouw regeling erg beinvloed.
Ik zou proberen met een belasting op de motor. Het pwm effect moet dan veel zichtbaarder zijn.
Hou er ook rekening mee dat de pwm snelheid van een normale arduino eigenlijk te laag is voor een goede spanningregeling.