Olá pessoal,
tive o mesmo problema ao compilar, de um dia para o outro o IDE começou a demorar muuuiito mais tempo a compilar, cheguei mesmo a pensar ter queimado o ATMEGA. Mas após desinstalar e instalar, ler muitos forums sem ter resultado, tive de pensar o que tinha mudado de um dia para o outro.
Cheguei a conclusão que o que estava diferente era o estar a navegar na internet não por Wireless mas sim por cabo RJ45. Reparei que durante a pesquisa do problema ao compilar os videos no youtube não abriam. Então decidi desligar o cabo de rede e o tempo de compilação desceu para menos de metade do tempo.
Ou seja a porta COM, entrou de certa forma em conflito com a placa rede.
Espero ajudar o pessoal com o mesmo problema.
Ao que parece tudo o estiver conectado ao pc que seja COMUNICAÇÃO Periférica, como placa de rede, bluetooth etc dá problemas com o COM (com o IDE).