Sin lugar a dudas el Due, la única parte en contra es que no hay dispositivos como Ethernet o GPS, que funcionen directamente, hay que usar cableado y rezar porque haya alguna libreria que funcione con esos dispositivos.
Le sigue el MEGA, casi todo lo que se ha diseñado para el UNO funciona es esta placa, pero con la ventaja de que se tiene mucho mas espacio de programación que en el UNO.
También están el Edison y el Galileo con velocidades asombrosas, el número de entradas/salidas es similar a las que tiene el arduino UNO. Sin embargo aun no ha salido al mercado la versión correspondiente al número de entradas/salidas semejantes a las del MEGA.
PD: respecto a las probabilidades de quemar algo, esas no se pueden eliminar, hasta un simple y robusto integrado 555 se puede freír.