Quadrocopter wurden schon mit Arduinos gebaut. Programmiert werden kann neben C und C++ auch in Assembler. Es gibt auch noch Projekte jenseits vom avr-gcc, die andere Programmiersprachen auf den AVR (den Mikrocontroller vom Arduino) portieren.
Für die meisten Anwendungen sind die Arduino Libraries schnell genug. Falls Du Dein Projekt öffentlich dokumentieren möchtest, wäre es sehr hilfreich, wenn die Software die Arduino Libraries nutzen würde. So hat die Community am meisten davon und bei Problemen hat man dann 14000 User, die Dir helfen könnten.
Viel Erfolg!