Die Frage ist ob die Controller das Problem sind oder ob nicht vieleicht die Beschaltung ungeschickt ist. Wenn alle Pins sauber terminiert sind ist das Problem sicher geringer. D.h. unsauberer Schaltungsaufbau = höheres Risiko für merkwürdige Effekte.
Davon abgesehen: Bootloader nerven eh nur --> ISP kaufen und das leidige Problem ist erledigt.