No te preocupes yo lo he hecho alguna vez y no hay problema.
Creo recordar que al resetearse la placa se carga el bootloader que mira si tiene comunicación serie, por lo que le da igual lo que tuvieras antes en esos pines. Eso si cuando vayas a cargarle un programa acuerdate de desconectar todo lo que le haya puesto al pin 0 y 1 que sino no podras cargar el nuevo programa.