Con ese programador no tengo ni idea de sí lo reconocerá el AVR estudio. Nunca lo he probado.
Lo que te bajas de la placa es el binario puro y duro. Lo podrás ver en ensamblador, sin mnemónicos ni etiquetas y poco más. Luego, pues a leer un poco e ingeniería inversa. Si es un programa tuyo, en poco lo podrás volver a escribir en C. Si no, pues algunas hornillas más.