La EEprom interna é molto limitata.
Puoi aggiungere delle EEprom esterne I2C.
http://www.cutedigi.com/arduino-shields/i2c-eeprom-for-arduino-256kbit.html
http://playground.arduino.cc/Code/I2CEEPROM
Ci sono diversi modelli di Eprom seriali con diverse grandezze di memoria reperibili sul mercato.
Ciao Uwe