In effetti nella toolchain di Arduino ci sono quei reference, nella Toolchain Atmel non ci sono, io avevo fatto la ricerca nel IDE modificato per il 328PB, dove ho messo la toolchain Atmel.
Tocca provare le funzioni eeprom delle avrlibc con Atmel Studio 7 e verificare se funzionano con il 328PB, se è così tocca capire perché.