Buenas, creo que he encontrado la solución a mi problema, lo comento por aquí por si a alguien le ocurre lo mismo alguna vez, que es fácil. Bueno, el problema estaba en que por lo visto el sensor detecta las ondas que emite la llamada telefónica que efectuamos para activar y desactivar la alarma. Mi error era que tenía el sensor justo al lado del módulo GSM con lo cual en cuanto efectuaba la llamada al instante se encendía la sirena, antes incluso de que al programa le diera tiempo a comprobar si estábamos efectuando una llamada. Todo se soluciona apartando el sensor unos dos o tres metros del módulo GSM.
Un saludo.