Aggiornamento Due

Led:
se non esiste un boot loader della due posso utilizzare qualsiasi microcontrollore SAM3 oppure solo quello montato sulla scheda della due

Puoi usare qualunque micro previsto dal core della DUE, attualmente dovrebbe essere solo il modello specifico montato sulla DUE, poi col tempo probabilmente verranno aggiunti altri modelli come è successo con Arduino classico.