msoffredi:
Lo que se puede hacer es que la lectura sea condicional a una variable que al principio ambas (una para cada puerto) esten en true, y luego en alguna de las condiciones que mencionas pones la otra variable en false, entonces si la variable esta en true, lees, sino no, y asi evitas leer todo el tiempo ambos puertos, al menos luego de que alguna de las condiciones que mencionas pase...Por otro lado si siempre debes leer de uno u otro, con usar una variable int (integer) e iniciarla en -1, te alcanza, asi lo que haces es el primero que lee setea esa variable con el valor leido, siempre y cuando la variable este en -1, y asi ignoras lo leido por el otro puerto...
No sé, son ideas pero como dijeron por ahi, son codigo y dudas o problemas concretos es mas facil ayudar...
Cómo sería a manera de ejemplo?